Hemm disa 'sfidi li għandek tiffoka fuqhom meta tinkorpora probijotiċi fil-matriċi tal-ikel. Huma: 1. għażla tar-razza, 2. produzzjoni tar-razza, 3. kif inokulazzjoni l-ikel, 4. kif tiżgura s-sopravivenza matul l-ipproċessar, 5. kif tevita telf ta 'vijabbiltà waqt il-ħażna, 6. kif tikkalkula l-għadd tal-kolonji [Probijotiċi], 7. Effetti fuq proprjetajiet sensorji tal-ikel, 8. [Preservazzjoni tal-prodott] stabbiltà fid-djar tal-konsumaturi, 9. U għandhom rwol fil-passaġġ gastrointestinali.
Speċifikament, fil-meraq, l-aċidi organiċi spiss iġibu l-pH tal-prodott taħt l-4, li jinibixxi s-sopravivenza tal-probijotiċi. Fl- għażla, dawk il- probijotiċi li jittolleraw pH baxx għandhom jiġu kkunsidrati, bħal Lactobacillus fuq Bifidobacterium.